上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女但不管是不是一样，反正这次，陈源和苏云都觉得新奇。飞船起飞的前两天，陈源和苏云的感觉就像是在坐飞车，不同的仅仅只是飞车是在星球的低空水平飞行，而他们坐下的飞船却是在向星球外面飞。友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脫离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
